用新建集群模式如何提交任务

一、 提交流程

登录 Fastone 平台控制台;

数据管理上传计算文件；

在首页，点击【提交作业】-点击【Amber】应用-选择集群模式-选择机器配置，进行启用机器；

上传计算文件，设置资源参数；

二、单机模式

Step 1：首页选择【提交作业】，如图：

Step 2：选择应用【Amber】；

配置集群登录节点资源配置，点击【开始计算】

Step 3：集群管理，选择创建的集群，在连接选择【SSH】连接，如图：

三、提交任务

Step 1：通过SSH连接创建并连接集群登录节点。

  • 请确保在任务模式完成软件申请。

Step 2. 通过数据管理上传所需的输入文件

Step 3. 通过命令调用软件。

salloc -p <分区名称> -N1 --gpus 1 
/opt/fastone/softwares/amber20/run_amber20.sh -i <输入文件>
1
2
  • 以模拟两个分子的结合自由能为例

  1. 上传输入文件sim_u000.tar.gz到数据管理；

  2. 新建集群模式，确认集群分区内有包含GPU节点（例：1-g1-4）；

  3. 通过SSH链接该节点，然后输入以下命令：

salloc -p p1-g1-4 -N1 --gpus 1
/opt/fastone/softwares/amber20/run_amber20.sh -i /fastone/users/<用户名>/sim_u000.tar.gz
1
2