用集群模式如何提交任务

一、 提交流程

登录 Fastone 平台控制台;

数据管理上传计算文件；

在首页，点击【提交作业】-点击【QVina】应用-选择任务模式-选择机器配置，进行启用机器；

上传计算文件，设置资源参数；

二、 操作步骤

Step 1：首页选择【提交作业】，如图：

Step 2：选择应用【Qvina】

Step 3：配置集群登录节点资源配置，点击【开始计算】

Step 4：集群管理，选择创建的集群，在连接选择【SSH】连接，如图：

三、提交任务

Step 1：通过SSH连接创建并连接集群登录节点。

Step 2. 通过数据管理上传所需的输入文件(比如上传目录~/project/vina)

Step 3. 在上传的项目文件目录下(比如~/project/vina)执行qvina流程脚本run-vina.sh

cd ~/project/vina
srun -n<NPROC> -N<NODES> /opt/fastone/softwares/virtual-screening/run-vina.sh -receptor <受体分子文件.pdb> -mol <配体分子库文件.sdf> -resname <用于定位的分子链标识如MOV.303>
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qvina流程脚本run-vina.sh使用说明：

  1. NPROC：并行核数；NODES：启动节点数量

  2. vina必选参数

-receptor   #受体分子文件，文件格式.pdb
-mol        #配体分子库文件，文件格式.sdf
-resname    #分子链标识，用于定位的分子链，自动计算中心坐标，多个分子用空格间隔(ResName.Id, eg MOV.303 GDP.302)
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  1. 其它可选参数，对应conf.txt所需的参数，不设置则使用缺省值
-size_x
-size_y
-size_z
-num_modes
-energy_range
-weight_hydrogen
-affinity_filter
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使用qvina流程脚本run-vina.sh会自动计算分子中心点(center_x、center_y、center_z)，移除所选分子，启动分子对接流程，输出结果包含：含中心坐标的config文件、移除分子后的pdb文件、打分结果总表、Affinity筛选结果、分子对接结果文件分类压缩。 也可以直接使用传统qvina命令(/opt/fastone/softwares/qvina/qvina02)方式运行vina。