NAMD

NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) 是一个产品级分子动力学应用程序，专为实现大型生物分子系统的高性能模拟而设计，支持Charmm、Namd和Amber等多种力场。

用新建任务模式如何提交任务

一、 提交流程

  1. 登录 Fastone 平台控制台;

  2. 数据管理上传计算文件；

  3. 在首页，点击【提交作业】-点击【NAMD】应用-选择任务模式-选择机器配置，进行启用机器；

  4. 上传计算文件，设置资源参数；

二、单机模式

Step 1：首页选择【提交作业】，如图：

Step 2：选择应用【NAMD】；

Step 3. 上传输入文件，配置运行参数；

  • 可以设置提交的作业名。
  • 可点击感叹号查看待上传输入文件的格式、软件运行参数的注意事项等。

以ApoA1(载脂蛋白A1)的分子动力学模拟为例： 以ApoA1(载脂蛋白A1)的分子动力学模拟为例：

  • 上传输入文件apoa1.tar.gz至数据管理；

  • 输入文件中：

    • .namd NAMD的运行配置文件

    • .pdb 包含分子系统最初结构的文件

    • .psf PSF格式的分子结构文件

    • .xplor 力场参数文件

  • 新建任务，输入文件选择apoa1.tar.gz，任务数量建议为2，使用GPU在集群配置无GPU时使用默认值n, 在资源配置有GPU并且要使用GPU时输入y；
  • 开始执行相关任务。

Step 4. 选择硬件配置；

  • 根据软件版本和使用需求，选择CPU/GPU配置。
  • 节点数量：设置启动多少个并行计算的计算节点。
  • 内存配比：设置各个计算节点内存大小为单节点核心数×内存配比。

Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；

三、提交后的监控

提交任务，任务运行过程中可查看stdout.txt了解进度。

作业提交后可通过任务管理查看任务的输出和日志等内容。

可通过集群监控查看正在运行的计算节点资源使用率等信息。