LeDock

LeDock是一种简单的专有分子对接软件，可用于配体与蛋白质靶标的对接。

推荐使用计算模式：图形桌面模式

用图形桌面模式如何提交任务

一、提交流程

  1. 登录 Fastone 平台控制台;

  2. 数据管理上传计算文件；

  3. 在首页，点击【提交作业】-点击【LeDock】应用-选择图形桌面模式-选择机器配置，进行启用机器；

  4. 上传计算文件，设置资源参数；

  5. 提交后即可实时查看结果

二、单机模式

Step 1：首页点击【提交作业】。

Step 2：选择【LeDock】应用，如图：

Step3: 在图形界面，选择创建的图形桌面，点击【SSH】。

Step 4：输入以下命令，生成mols文件。

  • 请一定要保证数据管理中有以下数据文件
    • Dock.in配置文件
    • testsetmall2.sdf 配体分子文件
    • pro.pdb 受体分子文件
  /opt/fastone/softwares/ledock/openbabel-3.1.1.sif -isd ${sdffile} -omol2 -O ${MOLS_DIR}/$(basename ${sdffile} .sdf)vs.mol2 -m -e
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  • ${sdffile} 这个是sdf文件

  • ${MOLS_DIR}/$(basename ${sdffile} .sdf)vs.mol2 这个是输出的文件路径

例如：

  /opt/fastone/softwares/ledock/openbabel-3.1.1.sif -isd testsetmall2.sdf -omol2 -O ./.mol2 -m -e
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运行完毕后会生成对应数量的.mol2文件

Step 5：LeDock进行分子对接。

  /opt/fastone/softwares/ledock/ledock  dock.in
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  • 要保证dock.in和mol文件在同一个目录

运行完毕后会生成对应数量的.dok文件

Step 6：打分操作。

  /opt/fastone/softwares/ledock/ledock_anal mol2.dok
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Step 7：根据打分分子信息提取特定分子信息。

  /opt/fastone/softwares/ledock/find_mols.sh -sdfdir SOURCE_SDF -molsname mols.txt
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  • /opt/fastone/softwares/ledock 为find_mols.sh脚本安装⽬录

  • SOURCE_SDF 为原始分⼦⽂件的⽬录

  • mols.txt 为需要查找的分⼦名，每⾏⼀个分⼦，格式如下

脚本执⾏完成后，会在当前⽂件夹下⾯⽣成⼀个mols_开头的⽂件夹，⽬录下⾯每个分⼦⼀个⽂件

Step 8：查找没有生成结果的分子。

*使⽤⽅法，此过程执⾏时间⽐较⻓

  /opt/fastone/softwares/ledock/find_miss_mols.sh -sdfdir SOURCE_SDF -summ docking_summary.txt 2> /dev/null
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  • /opt/fastone/softwares/ledock 为find_mols.sh脚本安装⽬录

  • SOURCE_SDF 为原始分⼦⽂件的⽬录

  • docking_summary.txt 分⼦对接结果的⽂件

脚本执⾏完成后，会在当前⽂件夹下⾯⽣成⼀个miss_mol_开头的⽂件夹，⽬录下⾯每个分⼦⼀个⽂件

Step 9：检查并修复SDF分子库文件。

  /opt/fastone/softwares/ledock/check_sdf_file.sh -sdfdir SOURCE_SDF
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  • /fastone/softwares/ledock 为check_sdf_file.sh脚本安装⽬录

  • SOURCE_SDF 为原始分⼦⽂件的目录

脚本说明

脚本会检查SDF分⼦库⽂件中第⼀个分⼦数据中是否包含“M CHG 2 8 1 10 -1”，如果不包含跳过，如果包含会把第⼀个分⼦移动到这个分⼦库⽂件的最后，此过程最多循环5次,超过5次会错误退出。