HelixFold-Single

HelixFold-Single是全球首个开源、并提供在线服务的蛋白结构预测大模型，希望为产业界带来更低使用门槛的蛋白结构预测服务，让蛋白结构预测模型的使用门槛更低，范围更广。

用图形桌面模式如何提交任务

一、 提交流程

登录 Fastone 平台控制台;

数据管理上传计算文件；

在首页，点击【提交作业】-搜索【HelixFold-Single】-点击【HelixFold-Single】应用-选择机器配置，进行启用机器；

上传计算文件，设置资源参数；

二、单机模式

Step 1：首页选择【提交作业】，如图：

Step 2：选择【HelixFold-Single】应用进行启用，如图：

  • 机器配置：系统选择为Ubuntu18.04，选择计算类型为GPU，系统盘为50GiB

Step3: 等待机器启动，点击【图形桌面】，点击VNC连接。

Step 4：进入图形界面，打开Terminal，如图：

Step 5：运行命令
HelixFold-Single应用在/helixfold目录下

Bash
python3 /helixfold/helixfold-single/helixfold_single_inference.py \
        --init_model=/helixfold/helixfold-single.pdparams \  
        --fasta_file=data/7O9F_B.fasta \  
        --output_dir="./output"
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  • fasta_file是蛋白质文件
  • output_dir是输出结果文件目录

Step 6：计算结果

等待一段时间后，在输出目录会有结果文件，则运行完成。