Lammps

LAMMPS全称“大规模原子分子并行模拟器”，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，可用于固体材料（金属、半导体）、软物质（生物大分子，聚合物）、粗粒化或介观尺度模型体系。

用任务模式如何提交任务

一、 提交流程

登录 Fastone 平台控制台;

数据管理上传计算文件；

在首页，点击【提交作业】-点击【Lammps】应用-选择图形桌面模式-选择机器配置，进行启用机器；

上传计算文件，设置资源参数；

二、单机模式

Step 1：首页选择【提交作业】，如图：

Step 2：选择【LAMMPS】，选择新建任务，如图：

  • 注意LAMMPS-CPU和LAMMPS-GPU的选择

Step 3. 上传输入文件，配置运行参数；根据选择版本的不同；

● Lammps-2020版本，选择的参数配置

  1. 上传计算所需输入文件
    注：rhodo.tar.gz 包含data. rhodo和in. rhodo的压缩包。 其中： data. rhodo 数据文件 in. rhodo输入脚本，通常包含初始化、系统定义、模拟设置和运行四个部分。

  2. 设置初始化脚本
    注：in. rhodo 输入脚本。

  3. 根据需要输入运行参数

● Lammps-2022版本，选择的参数配置

  1. 上传计算所需输入文件。
    注：CHO.tar.gz 包含data.CHO和 in.CHO的压缩包。 其中： data.CHO 数据文件 in.CHO输入脚本，通常包含初始化、系统定义、模拟设置和运行四个部分。

  2. 设置初始化脚本。
    注：in.CHO 输入脚本。

  3. 根据需要输入运行参数。
    注：使用pair style reaxff时需要设置option为"newton on"（Pair style reaxff requires newton pair on)。

Step 4. 选择硬件配置；

  1. 根据软件版本和使用需求，选择”计算类型“—请选择和任务模式相同的类型（CPU,GPU）。

  2. 根据软件版本和使用需求，选择”vCPU“数量。

  3. 启用超线程：开启表示逻辑CPU（vCPU）为物理CPU（core）的两倍；关闭表示逻辑CPU（vCPU）等于物理CPU（core）

Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；

  1. 任务结束后在输出中查看生成的结果文件log.lammps

提交后的监控

  1. 提交任务，任务运行过程中可查看stdout.txt了解进度。

  2. 作业提交后可通过任务管理查看任务的输出和日志等内容。

  3. 可通过集群监控查看正在运行的计算节点资源使用率等信息。