用图形桌面模式如何提交任务

一、 提交流程

登录 Fastone 平台控制台;

数据管理上传计算文件；

在首页，点击【提交作业】-点击【GROMACS】应用-选择图形桌面模式-选择机器配置，进行启用机器；

上传计算文件，设置资源参数；

二、单机模式

Step 1：首页选择【提交作业】，如图：

Step 2：选择应用【GROMACS】，根据所需计算文件大小设置机器配置。

  • 注意GROMACS-CPU和GROMACS-GPU的选择

Step 3：在图形界面，选择创建的图形桌面，点击【SSH】；

Step 4：进入【SSH】界面，如图：

Step 5：运行以下命令,出现如下界面显示配置成功。

echo "source /opt/fastone/softwares/hpc-kits/hpc-kits.sh" >> ~/.bashrc
echo "export PATH=/opt/fastone/softwares/gromacs-2018:/opt/fastone/softwares/gromacs-2018/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
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配置成功界面

Step 6：上传分子文件,使用mdrun_mpi运行计算任务。

  • 创建demo目录
  • 选择demo文件夹
  • 上传文件至demo文件夹
  • 上传成功截图
  • 输入以下命令,运行计算任务
cd ~/demo
mdrun_mpi
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  • 运行成功显示如下画面