QVina

QuickVina是一种快速准确的分子对接工具。

推荐使用计算模式： 任务模式

用任务模式提交任务

使用Qvina进行virtual-screening筛选对接，流程包含自动计算分子中心点(center_x、center_y、center_z)，移除所选分子，启动分子对接流程，输出结果包含：含中心坐标的config文件、移除分子后的pdb文件、打分结果总表、Affinity筛选结果、分子对接结果文件分类压缩。

一. 提交流程

登录 Fastone 平台控制台;

数据管理上传计算文件；

在首页，点击【提交作业】-点击【QVina】应用-选择任务模式-选择机器配置，进行启用机器；

上传计算文件，设置资源参数；

二. 操作步骤

Step 1：首页选择【提交作业】，如图：

Step 2：选择应用【qvina】

Step 3. 上传输入文件，配置运行参数；

  • 上传配体分子库和受体分子文件。
  • 设置Qvina相关参数。

  • res: 配体分子库文件(*.sdf)

  • receptor: 受体分子文件(*.pdb)

  • resname: 分子链标识，用于定位的分子链，自动计算中心坐标，多个分子用空格间隔(ResName.Id, eg MOV.303 GDP.302)

  • affinity_filter: 可选参数。用于筛选打分表结果，根据输入的Affinity数值进行筛选

  • sieze_x、size_y、size_z: conf.txt中对应盒子大小参数

Step 4. 选择硬件配置；

  • 根据软件版本和使用需求，选择”计算类型“。
  • 根据软件版本和使用需求，选择”vCPU“数量。
  • 节点数量：设置启动多少个并行计算的计算节点。

Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；

三. 提交后的监控

  1. 作业提交后可通过任务管理查看任务的输出和日志等内容。

  2. 可通过集群监控查看正在运行的计算节点资源使用率等信息。