Rosetta

Rosetta是用于大分子建模的首要套件，包括用于计算建模和分析蛋白质结构的算法，从头蛋白质设计、酶设计、配体对接以及生物大分子和大分子复合物的结构预测。

用图形桌面模式如何提交任务

一、 提交流程

登录 Fastone 平台控制台;

数据管理上传计算文件；Rosetta所需要的输入文件，需是以 .fasta 格式结尾的文件；

在首页，点击【提交作业】-搜索【Rosetta】-点击【Rosetta】应用-选择机器配置，进行启用机器；

上传计算文件，设置资源参数；

二、单机模式

Step 1：首页选择【提交作业】，如图：

Step 2：选择【Rosetta】应用进行启用，如图：

  • 机器配置：建议系统盘选择50GiB以上
    • 建议选择4vCPU或以上的机器进行计算，不支持2vCPU机型
    • 建议系统盘选择50GiB以上

Step 3：在图形界面，选择刚才已创建且处于运行中的图形桌面，点击【SSH】进行远程连接

Step 4：进入图形界面，打开Terminal，如图：

Step 5：命令行提交

  1. 测试Rosetta运行状态是否正常

antibody.mpi.linuxgccrelease

  1. 提交任务，对格式文件为fstab的蛋白质文件进行操作和提交。

    Rosetta的输入文件形式比较多样，一般以PDB文件作为输入。

    除此以外，不同的app要求的输入文件可能并不一样。比如在结构预测时需要定义Fragment文件、膜蛋白设计中需要使用Span文件，在Loop建模中需要定义Loop文件等。

    APP目录

/opt/rosetta/rosetta_src_2021.16.61629_bundle/main/source/bin
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以下以Relax程序作为举例：

# 首先进入工作目录，以Rosetta demo教程为例:
cd $ROSETTA/main/demos/tutorials/Relax_Tutorial
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# 运行relax app relax.mpi.linuxgccrelease -s 1ubq.pdb -
relax:constrain_relax_to_start_coords -
relax:coord_constrain_sidechains -relax:ramp_constraints false -
ex1 -ex2 -use_input_sc -flip_HNQ -no_optH false 
@general_relax_flags
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输出结果如下