# GROMACS

GROMACS是一个用于分子动力学模拟的多用途软件包。它主要是为蛋白质、脂质、核酸等有很多复杂的成键交互作用的生物化学分子设计的。但是由于GROMACS在计算非成键相互作用时非常快，它也被用于聚合体等非生物系统。GROMACS支持所有现代分子动力学计算的常见算法。

# 用任务模式如何提交任务

# 一、 提交流程

登录 Fastone 平台控制台;

数据管理上传计算文件；

在首页，点击【提交作业】-点击【GROMACS】应用-选择任务模式-选择机器配置，进行启用机器；

上传计算文件，设置资源参数；

# 二、 单机模式

Step 1：首页选择【提交作业】，如图：

Step 2：选择应用【GROMACS】；

• 注意GROMACS-CPU和GROMACS-GPU的选择

Step 3. 上传输入文件，配置运行参数；

• 可以设置提交的作业名

• 可点击感叹号查看待上传输入文件的格式、软件运行参数的注意事项等

• 可以设置提交的作业名。
  
• 可点击感叹号查看待上传输入文件的格式、软件运行参数的注意事项等。

Step 4. 选择硬件配置；

• 根据软件版本和使用需求，选择CPU/GPU配置。
  
• 并发数量：单任务并发数。
  
• 内存：设置各个计算节点内存大小为单节点核心数×内存配比。
  
• 可点击感叹号查看相关设置要求。

Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；

# 三、 提交后的监控

1. 作业提交后可通过任务管理查看任务的输出和日志等内容。
2. 可通过集群监控查看正在运行的计算节点资源使用率等信息。