# Amber

是由加利福尼亚大学的一组Coleman教授为生物分子开发的一系列建模和分子力学和动力学模拟程序。有许多程序，例如构建模块，其安排溶剂水分子并执行电荷拟合，也可以使用分析工具执行NMR细化并执行动力学计算的轨迹分析。

# 用新建任务模式如何提交任务

# 一、 提交流程

登录 Fastone 平台控制台;

数据管理上传计算文件；

在首页，点击【提交作业】-点击【Amber】应用-选择任务模式-选择机器配置，进行启用机器；

上传计算文件，设置资源参数；

# 二、单机模式

Step 1：首页选择【提交作业】，如图：

Step 2：选择应用【Amber】；

Step 3. 上传输入文件，配置运行参数；

• 可以设置提交的作业名。

• 可点击感叹号查看待上传输入文件的格式、软件运行参数的注意事项等。

以模拟两个分子的结合自由能为例：

• 将输入文件上传到数据管理中；

• 在新建任务中选择输入文件，选择对应的GPU/CPU资源；

• 开始执行相关任务。

Step 4. 选择硬件配置；

• 根据软件版本和使用需求，选择CPU/GPU配置。

• 节点数量：设置启动多少个并行计算的计算节点。

• 内存配比：设置各个计算节点内存大小为单节点核心数×内存配比。

Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；

# 三、提交后的监控

提交任务，任务运行过程中可查看stdout.txt了解进度。

作业提交后可通过任务管理查看任务的输出和日志等内容。

可通过集群监控查看正在运行的计算节点资源使用率等信息。